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基于网络药理学和反向分子对接的西红花抗肿瘤作用机制研究

孟祥庆 李丽华 王宏瑞 贾丹 贾敏

于熙, 王玉婷, 林厚文, 孙雅婷. 海绵共附生土曲霉的化学成分研究[J]. 药学实践与服务, 2022, 40(2): 120-124. doi: 10.12206/j.issn.1006-0111.202107019
引用本文: 孟祥庆, 李丽华, 王宏瑞, 贾丹, 贾敏. 基于网络药理学和反向分子对接的西红花抗肿瘤作用机制研究[J]. 药学实践与服务, 2023, 41(3): 160-167, 196. doi: 10.12206/j.issn.2097-2024.202206066
YU Xi, WANG Yuting, LIN Houwen, SUN Yating. Study on chemical constituents of sponge-associated Aspergillus terreus[J]. Journal of Pharmaceutical Practice and Service, 2022, 40(2): 120-124. doi: 10.12206/j.issn.1006-0111.202107019
Citation: MENG Xiangqing, LI Lihua, WANG Hongrui, JIA Dan, JIA Min. Anti-tumor mechanism study on saffron by network pharmacology and reverse molecular docking[J]. Journal of Pharmaceutical Practice and Service, 2023, 41(3): 160-167, 196. doi: 10.12206/j.issn.2097-2024.202206066

基于网络药理学和反向分子对接的西红花抗肿瘤作用机制研究

doi: 10.12206/j.issn.2097-2024.202206066
基金项目: 基于可再生能源的极端环境绿色空间生命支撑系统研究(BX221C010);西红花种球植物工厂化生产关键技术研究(2021CNKC-04-01)
详细信息
    作者简介:

    孟祥庆,硕士研究生,研究方向:中药资源开发利用,Email:meng02116720@163.com

    通讯作者: 贾 丹,讲师,研究方向:天然活性成分靶标鉴定与作用机制研究,Tel:(021)81871370,Email:jiadansmmu@163.com;贾 敏,副教授,硕士生导师,研究方向:中药资源的开发利用,Tel:(021)81871375,Email:jm7.1@163.com

Anti-tumor mechanism study on saffron by network pharmacology and reverse molecular docking

  • 摘要:   目的  运用网络药理学和反向分子对接技术探讨西红花抗肿瘤的作用机制。  方法  通过检索文献和从中药系统药理学数据库(TCMSP)获取西红花的主要化学成分,利用PharmMapper服务器预测西红花活性成分的潜在靶点,通过UniProt数据库将西红花潜在靶点转换为对应的靶标基因,与GeneCards、OMIM和TTD数据库获得的肿瘤相关靶点进行映射分析,得到西红花抗肿瘤的潜在作用靶点。采用Cytoscape软件构建西红花“活性成分-靶点-疾病”相互作用网络,通过String数据库进行蛋白-蛋白相互作用分析,并利用Metascape平台进行GO功能和KEGG通路富集分析。使用AutoDock、Pymol软件对活性成分与关键靶点进行分子对接验证。  结果  共筛选出西红花中槲皮素、山柰酚、异鼠李素、苦番红花素和西红花苷Ⅰ等9个活性成分,可能作用于AKT1、CCND1、MMP9、EGFR、TP53等37个关键靶点,涉及P53信号通路及TNF信号通路等。分子对接显示可通过氢键、疏水作用等产生稳定结合。  结论  初步探讨了西红花抗肿瘤的主要活性成分、关键靶点及通路,提示可通过诱导细胞凋亡等方式发挥抗肿瘤作用,为后续实验验证提供参考依据。
  • 海绵是具有代表性的海洋生物,其共附生微生物也是近年来研究的热点。在海洋高盐、高压、低温、寡营养的生存环境下,海绵共附生微生物能够产生结构新颖、生物活性良好的次级代谢产物。其中海绵共附生真菌是海绵化学多样性的重要来源[1]

    曲霉属 (Aspergillus sp)真菌分布广泛而且研究丰富。海洋曲霉属真菌的次级代谢产物主要包括聚酮类[2]、生物碱类[3]、肽类[4]、萜类[5]等化合物,具有抗肿瘤[6]、抗菌[7]、抗病毒[4]等生物活性。本课题的土曲霉(Aspergillus terreus)是从我国南海西沙永兴岛海域的棕色扁海绵Phakellia fusca中分离得到的,属于散囊菌目(Eurotiales)发菌科(Tri-chocomaceaez)的一种真菌,在海洋动植物和陆地植物中均有分布。该菌的次级代谢产物具有多样性,包括生物碱类化合物[8]、丁烯酸内酯类化合物[9]、萜类化合物[10]、环肽类化合物[11]等。本文采用硅胶柱色谱、Sephadex LH-20凝胶柱色谱、高效液相色谱等多种分离方法从土曲霉Aspergillus terreus中共分离得到8个单体化合物。通过理化常数测定、波谱数据分析等方法确定了化合物的结构。化合物18的结构见图1

    图  1  化合物1 ~ 8的化学结构式

    菌株来源于棕色扁海绵Phakellia fusca,由上海交通大学海洋药物研究中心鉴定为Aspergillus terreus,菌株保存在上海交通大学医学院附属仁济医院药学部海洋药物研究中心(菌株编号152805)。

    Agilent 600核磁共振波谱仪(美国 Agilent 公司);Waters高效液相色谱仪(美国Waters公司);XBridge C18半制备型液相色谱柱(10 mm×250 mm,5 μm);快速制备色谱仪(法国Interchim公司);OSB-2100旋转蒸发仪(日本EYELA 公司);振荡培养箱(上海知楚)。薄层硅胶、200~300目柱色谱用硅胶(青岛海洋化工厂);Sephadex LH-20凝胶(瑞典GE Healthcare公司);色谱纯试剂(天津康科德科技有限公司);其他分析纯有机试剂(上海化学试剂公司);氘代试剂(剑桥同位素实验室)。

    Aspergillus terreus单菌落接种到装有100 ml PDB培养液的250 ml三角瓶中,28 ℃,220 r/min震荡培养3 d,以该发酵液10%的接种量接到装有500 ml的真菌2号培养液(甘露醇20 g,麦芽糖20 g,CaCO3 15 g,葡萄糖10 g,谷氨酸钠10 g,酵母提取物3 g,玉米浆1 g,KH2PO4 0.5 g,MgSO4·7H2O 0.3 g,海盐30 g,蒸馏水1 L)的1 L三角瓶中,28 ℃,220 r/min震荡培养10 d,获得菌株的发酵物。收集发酵液24 L,用等体积的乙酸乙酯萃取3次,浓缩后得到乙酸乙酯相浸膏9.3 g。

    乙酸乙酯相浸膏首先经Sephadex LH-20凝胶柱色谱分离,以二氯甲烷-甲醇(体积比为1∶1)作为溶剂进行洗脱,得到组分Fr.1~Fr.4。组分Fr.2经硅胶柱色谱(石油醚:丙酮 = 100∶1~0∶100)分离得到组分Fr.2-1~Fr.2-9。组分Fr.2-5经反相中压柱色谱分离得到8个亚组分,其中Fr.2-5d经重结晶得到化合物3 (2.5 mg)。组分Fr.2-6经LH-20凝胶柱色谱和反相半制备HPLC(38%乙腈-水)分离得到化合物1 (3.5 mg, tR = 21.0 min)。化合物2 (3.5 mg, tR = 13.0 min)由组分Fr.2-7经反相半制备HPLC,以33%乙腈-水为流动相等梯度洗脱得到。组分Fr.2-8以乙腈-水 (体积比10∶90~100∶0)为流动相,经反相中压柱色谱和反相半制备HPLC(20%乙腈-水)分离得到化合物4 (2.0 mg, tR=30.0 min)、 化合物5 (4.0 mg, tR=28.0 min)和化合物6 (9.0 mg, tR=14.0 min)。Fr.3经过硅胶柱色谱分离得到7个组分,其中Fr.3-3经反相半制备HPLC进一步纯化得到化合物7 (1.7 mg, tR=12.0 min)。组分Fr.3-4以20%~100%的乙腈-水为流动相,经反相中压柱色谱和反相半制备HPLC(15%乙腈-水)分离得到化合物8 (18.0 mg, tR = 8.0 min)。

    化合物1为黄色粉末(甲醇),硫酸/香草醛显色为黄色,ESIMS给出的分子离子峰[M+H]m/z 466.15。1H NMR (600 MHz, CDCl3)中,δH 12.23 (1H, s)为氨基质子信号;一组邻位二取代的苯环质子信号δH 8.82 (1H, dd, J=8.5, 0.8 Hz, H-3), 7.89 (1H, dd, J=7.9, 1.3 Hz, H-6), 7.60 (1H, td, J=8.5, 1.3 Hz, H-4), 7.22 (1H, m, H-5),芳香质子信号δH 9.21 (1H, brs, H-9), 8.70 (1H, d, J=4.5 Hz, H-1′), 8.25 (1H, dt, J=8.0, 2.2 Hz, H-3′), 7.36 (1H, dd, J=8.0, 4.5 Hz, H-2′),提示3-取代吡啶环的存在;1个芳香质子信号δH 7.27 (1H, s, H-10′);4个甲氧基质子信号δH 3.97 (3H, s, 4″-OCH3), 3.91 (3H, s, 3″-OCH3), 3.90 (3H, s, 5″-OCH3), 3.82 (3H, s, 7″-OCH3)。13C NMR (150 MHz, CDCl3)共显示24个碳信号,结合DEPT谱,推断δC 168.2, 167.2, 164.0为羰基碳信号;17个芳香碳信号;δC 61.3, 61.3, 56.5, 52.7为4个甲氧基碳信号。碳信号归属为:δC 168.2 (C-7)、167.2 (C-7′′)、164.0 (C-7′)、152.6 (C-4′)、151.5 (C-5′′)、149.3 (C-2′)、148.8 (C-3′′)、146.9 (C-4′′)、140.4 (C-2)、135.2 (C-6′)、133.6 (C-4)、130.3 (C-1′)、127.9 (C-6)、125.8 (C-2′′)、123.8 (C-5)、123.6 (C-5′)、121.8 (C-3)、120.4 (C-1′′)、119.0 (C-1)、108.8 (C-6′′)、61.3 (3″-OCH3)、61.3 (4″-OCH3)、56.5 (5″-OCH3)、52.7 (7″-OCH3)。该化合物核磁数据与参考文献[11]对照基本一致,确定化合物为methyl-3,4,5-trimethoxy-2-(2-(nicotinamido)benzamido) benzoate。

    化合物2为黄色粉末(甲醇),ESIMS给出的分子离子峰[M+H]m/z 457.14。1H NMR (600 MHz, DMSO-d6)中,δH 12.19 (1H, s, 3-NH), 11.10 (1H, s, 1′′-NH), 8.52 (1H, d, J = 8.1 Hz, 1′-NH)为氨基质子信号;1个芳香质子单峰信号δH 9.29 (1H, s, H-7);一组邻位二取代的苯环质子信号δH 8.44 (1H, d, J = 8.5 Hz, H-7′′), 7.92 (1H, dd, J = 7.9, 1.5 Hz, H-4′′), 7.63 (1H, td, J = 7.9, 1.5 Hz, H-6′′), 7.20 (1H, td, J = 7.6, 1.5 Hz, H-5′′);2个相邻的连接杂原子的次甲基质子信号δH 4.55 (1H, dd, J = 8.1, 2.9 Hz, H-2′), 4.41 (1H, m, H-4′);3个甲基质子信号δH 3.70 (3H, s, H-9′′), 3.52 (3H, s, H-9), 1.19 (3H, d, J = 6.4 Hz, H-5′)。13C NMR (150 MHz, DMSO-d6)共显示20个碳信号,结合DEPT谱,推断δC 168.8, 167.3, 162.7, 159.5, 150.1为羰基碳信号;10个芳香碳信号;δC 65.9, 59.8为2个连杂原子的次甲基碳信号;δC 52.4, 28.6, 20.5为3个甲基碳信号,结合氢谱信号,确定有一个甲氧基和一个氮甲基。碳信号归属为:δC 168.8 (C-3′)、167.3 (C-8″)、162.7 (C-10)、159.5 (C-4)、151.2 (C-8a)、150.1 (C-2)、146.3 (C-7)、139.3 (C-2′′)、138.2 (C-6)、134.2 (C-6′′)、130.7 (C-4′′)、127.2 (C-4a)、123.4 (C-5′′)、120.7 (C-7′′)、117.1 (C-3′′)、65.9 (C-4′)、59.8 (C-2′)、52.4 (C-9″)、28.6 (C-9)、20.5 (C-5′)。该化合物的比旋光值为$[\alpha]_{\rm{D}}^{20} $+98 (c 0.1, MeOH)。该核磁数据与参考文献[12]对照基本一致,确定该化合物为terrelumamide A。

    化合物3为白色结晶(甲醇),ESIMS给出的分子离子峰[M+H]m/z 323.13。1H-NMR (600 MHz, CDCl3)中,δH 7.2-7.5 (10H, m, H-3′-H-7′, H-3′′-H-7′′)为10个芳香质子信号,提示存在2个单取代苯基;2个亚甲基质子信号δH 4.20 (2H, brs, H-1′′), 3.94 (2H, brs, H-1′);1个甲氧基质子信号δH 3.92 (3H, s, 2-OCH3)。13C-NMR (150 MHz, CDCl3)共显示19个碳信号,结合DEPT谱推断δC 158.2为羰基碳信号;12个芳香碳信号;δC 34.0, 30.4为2个亚甲基碳信号,提示结构中存在两个苄基基团;δC 61.8为甲基碳信号;δC 144.2, 140.6, 129.4为3个烯碳信号。碳信号归属为:δC 158.2 (C-5), 144.2 (C-6), 140.6 (C-2), 136.5 (C-2′′), 135.6 (C-1′), 129.6 (C-3′, 7′), 129.4 (C-3, 3′′, 7′′), 128.6 (C-4′, 6′), 127.8 (C-4′′, 6′′), 126.9 (C-5′, 5′′), 61.8 (2-OCH3), 34.0 (C-1′′), 30.4 (C-1′)。该化合物核磁数据与参考文献[13]对照基本一致,确定化合物为emeheterone。

    化合物4为黄色粉末(甲醇),硫酸/香草醛显色为紫色,ESIMS给出的分子离子峰[M+H]m/z 240.12。1H NMR (600 MHz, CD3OD)中,给出1个芳香质子信号δH 6.13 (1H, d, J = 0.7 Hz, H-5);3个次甲基氢信号δH 6.07 (1H, d, J = 3.0 Hz, H-8), 3.89 (1H, dt, J = 10.5, 3.0 Hz, H-9), 1.90 (1H, m, H-11);1个亚甲基质子信号δH 1.58 (1H, ddd, J = 12.2, 10.5, 4.6 Hz, H-10), 1.36 (1H, ddd, J = 12.2, 10.5, 3.0 Hz, H-10);3个甲基质子信号δH 2.28 (3H, s, H-7), 0.99 (3H, d, J = 6.7 Hz, H-13), 0.96 (3H, d, J = 6.7 Hz, H-12)。13C NMR (150 MHz, CD3OD)共显示12个碳信号,结合DEPT谱推断δC 155.0为羰基碳信号;4个芳香碳信号;δC 115.8, 70.5, 25.2为3个次甲基脂肪碳信号,结合对应的氢信号提示结构中存在1个缩醛碳信号和一个连氧次甲基碳信号;δC 40.4为亚甲基碳信号;δC 24.0, 21.8, 18.8为3个甲基碳信号。碳谱信号归属为:δC 157.9 (C-4)、155.0 (C-2)、143.5 (C-6)、132.7 (C-3)、115.8 (C-8)、95.0 (C-5)、70.5 (C-9)、40.4 (C-10)、25.2 (C-11)、24.0 (C-12)、21.8 (C-13)、18.8 (C-7)。该化合物的ECD曲线显示在217 nm处有负的Cotton 效应(Δε −5.86),其核磁和ECD数据与参考文献[14]对照基本一致,最终确定该化合物为(8R, 9S)-dihydroisoflavipucine。

    化合物5为黄色结晶(甲醇),硫酸/香草醛显色为紫色,ESIMS给出的分子离子峰[M+H]m/z 240.12。1H NMR (600 MHz, CD3OD)中,给出1个芳香质子信号δH 6.13 (1H, d, J = 0.7 Hz, H-5);3个次甲基氢信号δH 6.06 (1H, d, J = 3.0 Hz, H-8), 3.90 (1H, dt, J = 10.5, 3.0 Hz, H-9), 1.90 (1H, m, H-11);1组亚甲基质子信号δH 1.56 (1H, ddd, J = 12.3, 10.5, 4.6 Hz, H-10), 1.36 (1H, ddd, J = 12.3, 10.5, 3.0 Hz, H-10);3个甲基质子信号δH 2.28 (3H, s, H-7), 0.99 (3H, d, J = 6.6 Hz, H-13), 0.95 (3H, d, J = 6.6 Hz, H-12)。13C NMR (150 MHz, CD3OD)共显示12个碳信号,结合DEPT谱推断δC 155.0为羰基碳信号;4个芳香碳信号;δC 115.8, 70.5, 25.2为3个次甲基碳信号,结合对应的氢信号提示结构中存在1个次甲二氧基碳信号和一个连氧次甲基碳信号;δC 40.5为亚甲基碳信号;δC 24.0, 21.8, 18.8为3个甲基碳信号。碳信号归属为:δC 157.8 (C-4)、155.0 (C-2)、143.4 (C-6)、132.8 (C-3)、115.8 (C-8)、95.1 (C-5)、70.5 (C-9)、40.5 (C-10)、25.2 (C-11)、24.0 (C-12)、21.8 (C-13)、18.8 (C-7)。该化合物的核磁数据与化合物4对比基本一致,ECD曲线显示在217 nm处有正的Cotton 效应(Δε +25.34),提示为化合物4的差向异构体。将此化合物的核磁和ECD数据与参考文献[14]对照基本一致,最终确定化合物为(8S, 9S)-dihydroisoflavipucine。

    化合物6为黄色粉末(甲醇),硫酸/香草醛溶液无明显显色,ESIMS给出的分子离子峰[M+H]m/z 245.12。1H NMR (600 MHz, CDCl3)中,给出1组单取代的苯环芳香质子信号δH 7.32 (2H, t, J = 7.5 Hz, H-5′), 7.26 (1H, t, J = 7.5 Hz, H-4′), 7.20 (2H, d, J = 7.5 Hz, H-6′);2个次甲基氢信号δH 4.25 (1H, dd, J=10.5, 2.9 Hz, H-9), 4.04 (1H, t, J = 7.8 Hz, H-6);4组亚甲基质子信号δH 3.65-3.50 (2H, m, H-3); 3.65-3.50 (1H, m, H-10), 2.76 (1H, dd, J=14.5, 10.5 Hz, H-10); 2.30 (1H, m, H-5), 1.88 (1H,m, H-5); 1.98 (2H, m, H-4)。13C NMR (150 MHz, CDCl3)共显示14个碳信号,结合DEPT谱推断δC 169.6, 165.3为酰胺羰基碳信号;6个芳香碳信号;δC 59.3, 56.4为2个连氮次甲基碳信号;δC 45.6, 37.0, 28.5, 22.7为4个亚甲基碳信号,提示结构中存在苯丙氨酸和脯氨酸片段。碳信号归属为:δC 169.6 (C-7)、165.3 (C-1)、136.1 (C-1′)、129.4 (C-2′)、129.4 (C-6′)、129.3 (C-3′)、129.3 (C-5′)、127.7 (C-4′)、59.3 (C-6)、56.4 (C-9)、45.6 (C-3)、37.0 (C-10)、28.5 (C-5)、22.7 (C-4)。该化合物的比旋光值为$[\alpha]_{\rm{D}}^{20} $-47 (c 0.1, MeOH),将核磁数据与参考文献[15]对照基本一致,最终确定化合物为cyclo(S-Pro-S-Phe)。

    化合物7为浅黄色粉末(甲醇),硫酸/香草醛显色不明显,ESIMS给出的分子离子峰[M+H]m/z 284.13。1H NMR (600 MHz, DMSO-d6)中给出2个氨基质子信号δH 10.83 (1H, s, H-1′), 7.71 (1H, s, H-8);1组邻二取代的苯环芳香质子信号δH 7.54 (1H, d, J = 8.0 Hz, H-5′), 7.30 (1H, d, J = 8.0 Hz, H-8′), 7.03 (1H, t, J = 7.3 Hz, H-7′), 6.94 (1H, t, J = 7.3 Hz, H-6′);1个芳香质子单峰信号δH 7.16 (1H, s, H-2′);2个次甲基氢信号δH 4.28 (1H, t, J = 5.0 Hz, H-9), 4.04 (1H, t, J = 8.5 Hz, H-6);4组亚甲基质子信号δH 3.36 (1H, m, H-3), 3.23 (1H, m, H-10), 3.21(1H, m, H-3), 3.05 (1H, m, H-10), 1.95 (1H, m, H-5), 1.66 (1H, m, H-4), 1.59 (1H, m, H-4), 1.36 (1H, m, H-5)。13C NMR (150 MHz, DMSO-d6)共显示16个碳信号,结合DEPT谱推断δC 169.0, 165.5为酰胺羰基碳信号;8个芳香碳信号;δC 58.4, 55.2为2个连氮次甲基碳信号;δC 44.6, 27.7, 25.8, 21.8为4个亚甲基碳信号。碳信号归属为:δC 169.0 (C-7)、165.5 (C-1)、136.0 (C-9′)、127.3 (C-4′)、124.4 (C-2′)、120.8 (C-7′)、118.6 (C-5′)、118.2 (C-6′)、111.2 (C-8′)、109.3 (C-3′)、58.4 (C-6)、55.2 (C-9)、44.6 (C-3)、27.7 (C-5)、25.8 (C-10)、21.8 (C-4)。将核磁数据与化合物6对比,化合物7中吲哚基取代了化合物6中的苯基。该化合物的比旋光值为$[\alpha]_{\rm{D}}^{20} $-90 (c 0.1, MeOH),将该核磁数据与参考文献[16]对照基本一致,最终确定化合物为brevianamide F。

    化合物8为棕黄色油状(甲醇),ESIMS给出的分子离子峰[M+Na]m/z 177.06。1H NMR (600 MHz, DMSO-d6)中,给出3个烯氢信号δH 6.72 (1H, m, H-7), 6.37 (1H, d, J = 15.8 Hz, H-6), 6.00 (1H, s, H-2),其中一对为反式烯氢;2个羟基信号δH 5.80 (1H, s, 5-OH), 5.68 (1H, s, 4-OH);2个连氧次甲基质子信号δH 4.50 (1H, m, H-4), 3.89 (1H, m, H-5);1个甲基质子信号δH 1.88 (3H, d, J = 6.3 Hz, H-8)。13C NMR (150 MHz, DMSO-d6)共显示8个碳信号,结合DEPT谱,推断δC 203.7为酮羰基碳信号;4个双键碳信号;δC 80.8, 76.4为2个连氧次甲基碳信号;δC 19.1为甲基碳信号。碳信号归属为:δC 203.7 (C-1)、168.5 (C-3)、139.4 (C-7)、125.5 (C-6)、124.8 (C-2)、80.8 (C-5)、76.4 (C-4)、19.1 (C-8)。该化合物的比旋光值为$[\alpha]_{\rm{D}}^{20} $+78 (c 0.1, MeOH),将该化合物核磁数据与参考文献[17]对照基本一致,确定化合物为terrein。

    对分离得到的化合物进行α-葡萄糖苷酶抑制活性的测试。采用PBS缓冲液为反应体系,利用α-葡萄糖苷酶,以4-硝基苯基-α-D吡喃葡萄糖苷(PNPG)为特异性底物,以阿卡波糖作为阳性药,分别设立空白对照组、α-葡萄糖苷酶空白组和PNPG空白组,评价化合物的α-葡萄糖苷酶的抑制活性。结果表明,化合物3具有较强的α-葡萄糖苷酶的抑制活性,IC50值为14.28 µmol/L。其他化合物没有明显的α-葡萄糖苷酶的抑制活性。另外,还对化合物的抗氧化活性进行测试。采用DPPH的方法,以抗氧化剂N-乙酰半胱氨酸作为阳性药对分离得到的化合物进行了体外抗氧化活性测试。结果显示这些化合物抗氧化活性不明显。

    本研究从棕色扁海绵共附生真菌土曲霉中分离得到了8个化合物,其中化合物3457为首次从该菌中分离得到,丰富了土曲霉次级代谢产物的多样性,为进一步探索该属真菌的化学成分和生源途径提供了理论依据。

    根据文献报道,化合物2可以提高胰岛素的敏感性[13],化合物45测试了多个肿瘤细胞系,均显示细胞毒活性不明显[15],化合物6对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、黄体微球菌、白色念珠菌和隐球菌等具有很好的抗菌活性[16],化合物7对PaCa-2胰腺细胞的抗癌活性和抗菌活性都不明显[17],化合物8能够抑制雄激素依赖性前列腺癌细胞LNCaP-CR的血管生成素分泌,能够抑制人脐静脉内皮细胞的血管形成[18]。为了更好的探究该真菌代谢产物的活性,对分离得到的化合物进行了α-葡萄糖苷酶抑制活性和抗氧化活性测试。其中化合物3显示了较强的α-葡萄糖苷酶的抑制活性,IC50值为14.28 µmol/L,其α-葡萄糖苷酶抑制活性的机制有待于进一步研究。

  • 图  1  西红花抗肿瘤“化学成分-靶点”网络

    图  2  基于PPI分析的核心靶点筛选

    图  3  GO富集分析结果(前10)

    图  4  KEGG富集分析气泡图(前20)

    图  5  西红花“靶点-通路”相互作用网络

    图  6  西红花与膀胱癌信号通路的相关靶点作用关系

    图  7  分子对接分数热图分析

    图  8  西红花苷Ⅱ与核心靶点分子对接可视化 (结合能<−48 kJ/mol)

    表  1  西红花活性成分

    序号化合物编号化合物英文名中文名OB (%)DL
    1MOL001389n-heptanal庚醛79.740.59
    2MOL001406crocetin西红花酸35.30.26
    3MOL000354isorhamnetin异鼠李素49.60.31
    4MOL000422kaempferol山柰酚41.880.24
    5MOL000098quercetin槲皮素46.430.28
    6MOL001405crocin Ⅰ西红花苷Ⅰ2.540.12
    7MOL001407crocin Ⅱ西红花苷Ⅱ1.650.21
    8MOL000720safranal藏红花醛39.560.04
    9MOL001409picrocrocin苦番红花素33.710.04
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出版历程
  • 收稿日期:  2022-06-15
  • 修回日期:  2022-10-28
  • 网络出版日期:  2023-07-14
  • 刊出日期:  2023-03-25

基于网络药理学和反向分子对接的西红花抗肿瘤作用机制研究

doi: 10.12206/j.issn.2097-2024.202206066
    基金项目:  基于可再生能源的极端环境绿色空间生命支撑系统研究(BX221C010);西红花种球植物工厂化生产关键技术研究(2021CNKC-04-01)
    作者简介:

    孟祥庆,硕士研究生,研究方向:中药资源开发利用,Email:meng02116720@163.com

    通讯作者: 贾 丹,讲师,研究方向:天然活性成分靶标鉴定与作用机制研究,Tel:(021)81871370,Email:jiadansmmu@163.com;贾 敏,副教授,硕士生导师,研究方向:中药资源的开发利用,Tel:(021)81871375,Email:jm7.1@163.com

摘要:   目的  运用网络药理学和反向分子对接技术探讨西红花抗肿瘤的作用机制。  方法  通过检索文献和从中药系统药理学数据库(TCMSP)获取西红花的主要化学成分,利用PharmMapper服务器预测西红花活性成分的潜在靶点,通过UniProt数据库将西红花潜在靶点转换为对应的靶标基因,与GeneCards、OMIM和TTD数据库获得的肿瘤相关靶点进行映射分析,得到西红花抗肿瘤的潜在作用靶点。采用Cytoscape软件构建西红花“活性成分-靶点-疾病”相互作用网络,通过String数据库进行蛋白-蛋白相互作用分析,并利用Metascape平台进行GO功能和KEGG通路富集分析。使用AutoDock、Pymol软件对活性成分与关键靶点进行分子对接验证。  结果  共筛选出西红花中槲皮素、山柰酚、异鼠李素、苦番红花素和西红花苷Ⅰ等9个活性成分,可能作用于AKT1、CCND1、MMP9、EGFR、TP53等37个关键靶点,涉及P53信号通路及TNF信号通路等。分子对接显示可通过氢键、疏水作用等产生稳定结合。  结论  初步探讨了西红花抗肿瘤的主要活性成分、关键靶点及通路,提示可通过诱导细胞凋亡等方式发挥抗肿瘤作用,为后续实验验证提供参考依据。

English Abstract

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Citation: MENG Xiangqing, LI Lihua, WANG Hongrui, JIA Dan, JIA Min. Anti-tumor mechanism study on saffron by network pharmacology and reverse molecular docking[J]. Journal of Pharmaceutical Practice and Service, 2023, 41(3): 160-167, 196. doi: 10.12206/j.issn.2097-2024.202206066
  • 西红花为名贵药材,来源于鸢尾科植物番红花Crocus sativus L.的干燥柱头。原产于地中海地区、希腊、小亚细亚和伊朗,后经西藏传入国内,故又名藏红花[1]。《本草纲目》中记载番红花“主治心忧郁积、气闷不散,活血,亦治惊悸”[2]。2020版《中国药典》描述西红花具有活血化瘀、凉血解毒、解郁安神的功效[3]。越来越多的现代药理研究表明,西红花具有抗肿瘤、抗血小板聚集与凋亡、抗心血管细胞凋亡、降血脂和降血糖等活性[46],在健康和医疗领域具有重要作用。

    世界卫生组织国际癌症研究机构(IARC)发布的最新数据,2020年全球癌症新发患者病例数超过1 930万例,癌症死亡患者接近1 000万例[7]。天然活性成分是抗肿瘤药物研发的重要来源[8]。有研究表明,西红花中特有的西红花酸、西红花苷等具有抗肿瘤活性[9],已有学者在西红花治疗结直肠癌、乳腺癌等的抗肿瘤作用方面进行了相关研究[10-11],但其主要活性成分及抗肿瘤作用机制仍需进一步探索。

    网络药理学[12]将系统生物学、生物信息学、计算生物学、网络科学和靶向药理学相结合,从系统层次和生物网络的整体角度探讨成分—靶标—通路的相互作用关系,为中药多靶点、多成分、系统性、整体性的作用机制研究提供了有力的技术支撑,从而指导新药研发和临床诊疗。因此,本研究应用网络药理学结合反向分子对接的方法,对西红花的抗肿瘤作用成分及靶点机制进行研究,为深入探索西红花抗肿瘤药效物质基础及作用机制提供参考。

    • 利用TCMSP平台获取西红花化学成分,口服生物利用度(oral bioavailability,OB)和类药性(drug-likeness,DL) 是药物筛选的关键参数,一般设置OB≥30%和DL≥0.18的化学成分作为候选药效成分,并结合文献报道[1315]补充4个西红花化学成分。

    • 应用TCMSP平台和PharmMapper[16]工具获取西红花活性成分的作用靶点,并借助UniProt数据库将靶点转换为对应基因。以“tumor”、“cancer”为关键词,在GeneCards(https://www.genecards.org/)、OMIM数据库(https://www.omim.org/)和TTD数据库(http://db.idrblab.net/ttd/)进行检索。将得到的疾病靶点和药物靶点取交集,作为药物作用于疾病的预测靶点。

    • 根据预测的西红花药效成分、交集靶点,使用Cytoscape 3.9.1软件建立“成分-靶点”的网络图。

    • 将药物疾病交集靶点输入String数据库构建PPI网络进行初步筛选,再将PPI网络导入Cytoscape 3.9.1中,以半数degree为参考标准,选取关键靶点。

    • 将筛选获得的37个核心靶点录入Metascape平台(http://metascape.org/gp/index.html),物种设置为人,选择Custom Analysis,设置P<0.01,进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。

    • 将筛选出的西红花主要活性成分通过PubChem下载SDF格式;利用RCSB PDB数据库下载关键蛋白靶点,优先选择有配体、结构相对完整的晶体结构,并采用AutoDock Tools对获取的PDB蛋白分子进行除水、加氢、计算电荷预处理;使用AutoDock Vina进行分子对接,计算结合能;选取最优构象,使用PyMOL软件做出3D结合模式图。

    • 通过TCMSP获得70个西红花化学成分,设置OB≥30%且DL≥0.18进行筛选,再添加文献检索相关成分,共获得9个西红花活性成分,见表1

      表 1  西红花活性成分

      序号化合物编号化合物英文名中文名OB (%)DL
      1MOL001389n-heptanal庚醛79.740.59
      2MOL001406crocetin西红花酸35.30.26
      3MOL000354isorhamnetin异鼠李素49.60.31
      4MOL000422kaempferol山柰酚41.880.24
      5MOL000098quercetin槲皮素46.430.28
      6MOL001405crocin Ⅰ西红花苷Ⅰ2.540.12
      7MOL001407crocin Ⅱ西红花苷Ⅱ1.650.21
      8MOL000720safranal藏红花醛39.560.04
      9MOL001409picrocrocin苦番红花素33.710.04
    • 将TCMSP平台和PharmMapper获取结果进行整理,并借助UniProt数据库进行靶基因匹配,获得201个潜在靶点。以“tumor”和“cancer”为关键词,在GeneCards、OMIM和TTD数据库进行预测整理,剔除重复,筛选得到5896个潜在疾病靶点。将得到的疾病靶点和药物靶点取交集,共得到可作为药物作用于疾病的179个预测靶点。

    • 将西红花的9个活性成分与预测到的179个潜在靶点导入Cytoscape 3.9.1软件,构建“药物-活性成分-靶点”网络(图1),网络中绿色代表药物作用于疾病的靶点,蓝色代表西红花活性成分,全图包括189个节点、299条边,其中degree值排名靠前的活性成分为槲皮素、山柰酚、异鼠李素、苦番红花素和西红花苷Ⅰ,这些可能是西红花发挥抗肿瘤作用的潜在活性成分。

      图  1  西红花抗肿瘤“化学成分-靶点”网络

    • 将疾病与活性成分的潜在靶点导入String数据库,采用Cytoscape 3.9.1软件绘制PPI网络图,依据degree值进行排序,以大于半数degree值为标准进行两次筛选,获取核心靶点37个(图2)。度值排名前5的靶点分别为EGF、MMP9、NFKBIA、IL-1B和IL-10,提示这些靶点可能是西红花发挥抗肿瘤作用的关键潜在靶点。

      图  2  基于PPI分析的核心靶点筛选

    • GO分析常用于注释基因和基因产物生物功能,分析包括生物过程(biological process,BP)、分子功能(molecular function,MF)和细胞组成(cellular component,CC)三部分。此次GO富集分析共得到BP富集结果193个、CC富集结果83个和MF富集结果123个,选取排名前10的条目绘制GO功能分析图(图3)。如图3所示,BP主要涉及对激素的反应、对脂质的反应、对异源刺激的反应等;CC主要涉及膜筏、膜微区、囊腔、细胞质囊泡腔等;MF主要涉及转录因子结合、DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合等。通过比较发现,细胞生物过程富集的基因数较多,说明西红花可能主要通过调节生物过程发挥抗肿瘤作用。

      图  3  GO富集分析结果(前10)

      KEGG分析共富集到194条信号通路,其中34条癌症相关通路,并对前20条通路绘制气泡图(图4)。依据KEGG分析,西红花可能通过p53信号通路、TNF通路发挥抗肿瘤作用,可能对膀胱癌、胰腺癌、前列腺癌、非小细胞肺癌等肿瘤具有治疗作用,西红花靶点-通路相互作用网络见图5,红色三角形代表与肿瘤相关的信号通路,蓝色矩形代表关键靶点。其中,西红花通过膀胱癌信号通路调控EGF、MMPs、Raf、VEGF、ERK等基因发挥抗肿瘤作用(图6),红色矩形代表西红花可能干预的关键靶点。

      图  4  KEGG富集分析气泡图(前20)

      图  5  西红花“靶点-通路”相互作用网络

      图  6  西红花与膀胱癌信号通路的相关靶点作用关系

    • 将前15个潜在核心靶点与西红花活性成分进行分子对接。结合能(affinity)<0表明配体分子能够与受体蛋白自发结合,结合能≤−17.78 kJ/mol表明配体与受体有一定的结合活性,结合能≤−20.92 kJ/mol 表明配体与受体有较好的结合活性,结合能≤−29.29 kJ/mol 表明配体与受体有强的结合活性[17],且结合能越低,表明对接的效果越好,结合的构象越稳定[18]。经AutoDock Vina对接,将得到的结合能数据使用热图展示(图7)。本研究结合自由能小于−20.92kJ/mol 的活性成分有102个,占75.6%;小于−29.29kJ/mol 的活性成分有73个,占54.1%,可见这些核心化合物与受体结合活性较高,结构相对稳定。选取结合能力最好的4个组合用Pymol软件进行可视化处理(图8)。

      图  7  分子对接分数热图分析

      图  8  西红花苷Ⅱ与核心靶点分子对接可视化 (结合能<−48 kJ/mol)

    • 肿瘤的发生和发展是多基因、多步骤的结果。中药多成分、多靶点的特点使其在肿瘤治疗方面有独特的优势。大量的临床实践表明,中药在治疗肿瘤中能够改善症状、提高患者生存质量、延长生存期等,有着其他治疗药物及手段不可替代的作用[19-20]。以中药黄芪为例,不仅可以通过Wnt5/β-catenin信号通路抑制肿瘤生长[21],同时具有通过PD-L1下调诱导耐药黑色素瘤的干性抑制和化疗敏感性增强的作用,可以减少化疗药物用量[22],还能充当免疫佐剂,提高患者免疫力,改善生存质量[23]。网络药理学最大的优势在于可以运用系统生物学的分析,为中药多成分、多靶点、多通路的机制研究提供有力的技术支撑[12],其分析理念和技术路径又与中医药治疗疾病的整体观相契合,已用于多种中药和中药复方作用机制的研究,如灯盏细辛、半枝莲等中药和茵陈蒿汤、桃红四物汤等中药复方,利用网络药理学的方法得到治疗机制的详细阐述和证明[2427],为中药药理作用机制的探索提供了很好的参考。

      本研究发现西红花中多种成分,如西红花酸、西红花苷等可与IL-6、AKT1、CCND1、IL-1β、MMP9、EGFR、TP53靶点产生适度结合,提示这些靶点可能是西红花中活性成分发挥抗肿瘤作用的关键靶点。研究发现,AKT1是PI3K-AKT-mTOR信号通路中的重要靶点,被磷酸化激活后可以促进细胞的增殖与存活,与肿瘤细胞的生长密切相关[28]。多项研究表明,通过抑制AKT1可以治疗肺癌、结肠癌、卵巢癌等多种实体癌[29]。EGFR与一些全球发病率和致死率高的癌症发病机制直接或间接相关,包括肺癌、乳腺癌和结直肠癌等[30]。当EGFR过度表达时,细胞表面会出现过量的受体,诱导正常的细胞转化为癌细胞,并为癌细胞持续生存提供条件[31]。CCND1是细胞周期家族的一员[32],公认的原癌基因,在甲状旁腺瘤、乳腺癌、肝癌及食管、肺、头颈部鳞状细胞癌的发生、发展过程中均起着重要作用[33-34]。西红花苷是由西红花酸和龙胆二糖或葡萄糖结合形成的二萜苷类化合物,西红花苷Ⅰ和西红花苷Ⅱ的差别在于分子中糖苷基数目的多少 [35]。西红花酸已具有抗肿瘤作用,以其为苷元形成的西红花苷同样也表现出较好的抗肿瘤活性,其中西红花苷Ⅱ的表现最好。西红花苷可以通过P53途径下调细胞周期蛋白d1和p21的表达,诱导细胞凋亡和细胞周期停滞,从而抑制肿瘤生长[36]。分子对接的结果与GO富集分析、KEGG通路富集分析结果一致,验证了网络药理学分析结果的正确性。

      Buyun等学者在肝癌Hep3B和HepG2细胞中使用西红花苷抑制了IL-6对STAT3以及细胞周期蛋白D1的激活,验证了西红花对肝癌细胞的抗增殖,凋亡和阻断入侵作用[37]。在转移性乳腺癌的研究中,Ali等研究人员在体内和体外实验中均证明了西红花苷可以通过VEGF和MMP9下调发挥抗肿瘤作用,而且对乳腺癌的转移扩散有较好的抑制作用[38]。这些研究成果在一定程度上验证了利用网络药理学探究发现的西红花抗肿瘤作用机制的可行性。

      综上所述,本研究利用网络药理学结合分子对接技术,探究西红花抗肿瘤作用的活性成分、作用靶点及信号通路。发现西红花抗肿瘤的作用具有多成分、多靶点、多通路、多机制的特点,其中以西红花苷为代表的西红花特有化学成分显示出了良好的抗肿瘤活性,可以在多条肿瘤发生通路中发挥作用,为西红花治疗肿瘤的深入研究提供了理论基础。但这些结果受限于各个数据库信息的片面性,而且只关注了成分,没有考量到成分的含量及其之间是否存在相互作用,预测的结果存在一定的片面性和局限性,需要进一步进行体内、外实验验证。

参考文献 (38)

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